一、办公室(暂定人员数5名,其中主任1名、副主任1名)
  协助局领导进行综合、协调、督促、检查、服务工作;负责拟定机关各项工作制度并监督执行;负责机关日常文电、会务、机要、档案、文秘、劳动工资、安全、保密等工作;承担机关财务、固定资产管理和机关、直属单位内部审计工作,组织实施政府采购管理工作;承担机关和直属单位的机构编制、人事工作;负责机关党风廉政建设、离退休人员工作;负责扶贫、政务信息等。
  二、法规宣教科(暂定人员数2名,其中科长1名)
  负责全州环境保护法制建设;组织起草环境保护地方性法规、政府规章草案;审核规范性文件;组织开展环境战略问题和综合性环境保护政策调研;组织环境保护执法检查;承担环境保护行政处罚、行政复议和应诉工作;牵头调解重大环境污染纠纷;拟定并指导实施环境保护宣传、教育、培训的规划、计划;组织开展环境保护和生态文明建设的宣传教育工作;承担新闻宣传审核和新闻发布、政务公开工作;指导绿色创建工作;组织协调环境保护系统业务培训工作;负责信访工作;负责环保系统技术职称的评审组织工作及直属事业单位的专业技术人员管理。
  三、污染防治科(暂定人员数2名,其中科长1名,副科长1名)
  监督管理大气、水体、土壤、光、恶臭、噪声、固体废物、危险废物、化学废物、有毒化学品、持久性有机污染物以及机动车尾气等污染防治;拟定重点区域和重点流域污染防治规划并组织实施;监督管理饮用水源地环境保护工作,组织指导城镇环境综合整治、污染源限期治理、达标排放等工作。
  四、环境影响评价科(暂定人员数2名,其中科长1名,副科长1名)
  组织协调有关政策、规划和建设项目的环境影响评价工作;负责审批州级权限范围内建设项目环境影响评价文件、建设项目试生产(运行)、建设项目竣工环境保护验收;负责监督管理环境影响评价工作机构;指导并监督全州建设项目环境影响评价的审批工作;指导州建设项目环境审核受理中心业务工作;负责核与辐射项目、电磁辐射项目环评、环保“三同时”和竣工环保验收管理工作。
  五、自然生态保护科(暂定人员数2名,其中科长1名)
  组织拟定和监督实施生态保护的地方性法规及规章;组织编制生态保护规划;开展生态环境质量状况评估;监督各类自然保护区、风景名胜区、森林公园,特别是辖区内以苍山洱海为重点的国家级自然保护区的环境保护工作,审查、呈报新建州级自然保护区项目;对生态环境有影响的自然资源开发利用活动进行监督;指导生态示范创建;协调指导农村生态环境保护,监督生物技术环境安全;组织协调生物多样性保护和生物物种资源保护工作;承担滇西北生物多样性保护联席会议环保办公室的具体工作。
  六、湖泊保护与治理科(暂定人员数3名,其中科长1名,副科长1名)
  拟定湖泊保护与治理综合防治规划、政府目标责任书并监督实施;组织指导以洱海为重点的湖泊和大型(水库)水污染保护与治理的试点示范;承担洱海水污染综合领导组办公室的日常工作,配合州洱海保护治理领导组办公室认真落实洱海保护治理的各项办法措施,落实好洱海保护的目标责任制;负责洱海保护治理工作中的日常统筹综合协调,督促检查考核工作,确保洱海保护治理责任目标的落实。
  七、项目规划管理科(暂定人员数2名,其中科长1名)
  组织编制、评估、考核环境保护规划和环境功能区划;审核全州环境保护专项规划和专项功能区划;组织财政及各类专项资金的申报,并提出审查意见;承担各项资金使用监督和绩效考核工作;负责环境保护合作项目的监督管理工作;参与处理涉外环境保护事务;负责区域间环境保护合作与交流工作。
  八、科技与环保产业发展科(暂定人员数1名,其中科长1名)
  负责环境保护系统科技成果管理;组织拟订地方环境标准、技术规范并组织实施;承担重点企业强制性清洁生产审核工作;承担环境污染治理设施运营资质管理工作;参与指导和推动循环经济、清洁生产与环保产业发展;组织实施全州环境管理体系、资质认可工作。
  九、污染物排放总量控制科(暂定人员数1名,其中科长1名)
  拟定全州污染物排放总量控制计划,监督实施主要污染物排放总量控制;组织实施排污申报登记、排污许可证制度;负责环境统计制度的落实;负责主要污染物总量减排的督查、督办、核查及考核工作。承担大理州节能减排工作领导小组减排工作办公室的具体工作。
  十、环境监测科(暂定人员数1名,其中科长1名)
  组织开展环境监测工作,负责环境质量状况的调查、评估、预测、预警工作;编制环境质量报告书,统一发布环境监测信息;负责管理环境监测网;负责重点污染源在线监测系统建设和管理;负责核安全、辐射环境安全、放射性废物的监督管理工作;监督管理放射源安全、放射性废物和电磁辐射、核技术应用、伴有放射性矿产资源开发利用中的污染防治;负责核技术应用相关领域人员的业务培训工作;参与核事故应急处理,负责辐射环境事件应急处理工作。
  十一、总工程师办公室(暂定人员数2名,其中正科1名,副科1名)
  协助局领导负责环境保护方面的重大技术审核;指导机关各业务科室和直属单位重大科技和工程项目的实施。
  十二、国家水体污染控制与治理科技重大专项洱海项目办公室(暂定人员数2名,其中正科1名)
  “十二五”期间,在州人民政府和国家、省水专项办公室的领导下,负责组织本辖区国家重大科技项目洱海水专项项目与课题的立项、过程管理和验收工作。主要职责是:组织提出地方水污染治理科技需求;组织编制相关项目与课题实施方案建议和经费预算书;组织落实相关项目与课题示范工程、配套工程和地方投入等保障条件;配合国家和省水专项办做好项目(课题)立项工作;组织开展项目与课题的日常管理、监督检查和评估;提出相关项目与课题研究任务、技术支持单位及经费调整的建议;定期向国家和省水专项办汇报项目与课题的实施进展;配合国家和省水专项办做好项目(课题)验收工作;研究制定地方水专项项目与课题组织实施的管理办法或其他相关要求。